я тоже задался такой проблемой
форум в отдельном каталоге, сайты в одтельных, так же базы данных разделены,
forum.mysite.ru - форум
best.mysite.ru - сайт1
best2.mysite.ru - сайт2

на вэб сервере
html//forum
html/best
html/best2

и соответственно базы

при регистрации на сайте возможно конечно регистрация на форуме, но могут возникнуть косяки с одинаковыми именами пользователей когда на сайте нет такого ника, а на форуме есть.
понятно, что форум прикрутить к сайтам можно сделав просто симлинк например из корня сайтов и будет сайт
http://best.mysite.ru/forum/
http://best2.mysite.ru/forum/
или сделать симлинк в modules
для меня вот не понятно, как прикрутить header.php и footer.php
мне не надо единой базы, мне надо чтобы каждый сайт работал с единым форумом но со своими менюхами.

тебе надо будет оочень много времени уделить своему вопросу. можно сделать всё вручную. То есть. 2 сайта которые на слаеде. Их базы с разными префиксами. Но 1 табличка без префикса это будет аккаунты. и во всех файлах менять настройки.

Если я ошибаюсь поправте меня. Потому как это не проверял ещё, но теоретически можно.