Скрипт изменит префикс всех таблиц, которые входят в базу данных. Если какая-либо таблица в Вашей базе данных не имеет префикса (редко, но встречается в некоторых сторонних модулях) скрипт это определит и оставит ее название без изменений. Иными словами изменениям подвергнутся только названия тех таблиц, которые действительно нужно изменить (имеющие префикс, указанный в файле config/config.php).