В статье стоит код гугла и все работает, попробовал вставить рекламный код яндекса и не работает. Посмотрел исходный код страницы и вижу что кавычки в коде меняются:
было yandex_site_bg_color = 'FFFFFF';
стало yandex_site_bg_color = 'FFFFFF';
я так понял это модуль news
Почему меняются кавычки?

Куда код встывляешь? Блоком?

Нет прямо в статью, редакторы отключены.
В коде гугла двойные кавычки их не трогает, а в яндексе одиночные их видоизменяет.

Понятно дело что изменяем
Замени надвойные ковычки думаю ни чего страшного не будет

С двойными кавычками не работает
document.write("<sc"+"ript type="text/javascript" src="http://an.yandex.ru/system/context.js"></sc"+"ript>");
может быть есть какой способ с одиночными кавычками оставить?

Нас слово script стоит защита.

Как вариант сунуть его в сам шаблон или создать блок

Я не пойму как я блок засуну в середину статьи?
И этот код гугла работает никакая защита его не берёт...
<script type="text/javascript"
src="http://pagead2.googlesyndication.com/pagead/show_ads.js">
</script>
<script type="text/javascript">