Если добавить сообщение и не промодерировать, то баллы не начисляются.
Но если такое сообщение удалить, то баллы списываются.

Правда я на своём форуме вносил небольшие изменения, которые могли повлиять на логику, поэтому хотел уточнить как у кого обстоят дела с таким нюансом.

Какие изменения вносились в модуль форума?
Возможно действительно причина в этом...

для поля user_acess менял условия на обратные и вроде бы всё для форума.

Постараюсь детально рассмотреть ситуацию с пунктами пользователей при публикации сообщений форума.

Внимание, встречный вопрос которые меня лично беспокоит, ситуация следующая:

1. Пользователи в обычном режиме получают пункты, допустим за те же публикации сообщений и тем форума.

2. В определённый момент времени модератор делает чистку форума от устаревших по времени и более не актуальных сообщений.

Внимание, вопрос

Будет ли правильным снятие пунктов с пользователей, за удалённые модератором сообщения?

я считаю, что не правильно.
Все же человек сделал пост.
Снимать можно, если пост был с нарушениями правил сайта или темы форума (флуд).
А еще лучше, как мне кажется, не удалять посты, а переносить их в определенную корзину удаленных постов, что бы всегда были удаленные сообщения для решения спорных ситуаций.
А вот из корзины можно удалять навсегда (ну или предложить опционально при удалении - навсегда или в корзину.)

я считаю, что не правильно.
Все же человек сделал пост.
Снимать можно, если пост был с нарушениями правил сайта или темы форума (флуд).

 // Подсчёт знаков
if (strpos($hometext,"quote]")){
 $pattern =  "#\[quote]((?!\[quote\]).)*?\[/quote\]#si"; 
 while(preg_match( $pattern , $hometext)) $hometext = preg_replace( $pattern , "" , 
 $hometext );                                                                                                 
  }
 $hometext=str_replace(array(" "),'',strip_tags($hometext)); 
 $kol=mb_strlen($hometext, "utf-8");
if($kol<11) update_points(46);
 elseif($kol<100) update_points(47);
 elseif($kol<500) update_points(14);
 elseif($kol<1000)update_points(48);
 else update_points(49);

В принципе склоняюсь к тому же, оставлять пункты за пользователями при удалении их сообщений или комментариев в последствии. Как вариант, можно добавить опцию выбора "снимать пункты или нет" для модератора, для случаев злоупотреблений и флуда.

А еще лучше, как мне кажется, не удалять посты, а переносить их в определенную корзину удаленных постов, что бы всегда были удаленные сообщения для решения спорных ситуаций.

А ещё, в частности для форума, считаю, что справедливее начислять за объём и учитывать момент редактирования.