GRAFLEKX, так как других решений пока не придумано, решил все таки сделать как ты сказал. На первый взгляд все хорошо, ссылки на всем сайте поменялись и стали выглядеть так: /index.php?name=News&file=article&sid=3156 Но когда на них кликаешь, сразу же перекидываеть на index.php
Кажется мне, сто причина в файле index.php который в корне сайта лежит

Все, тему можно закрывать. Как всегда, один замечательный человек из Пензы наставил на путь истинный!

Причина в том, что надо было обратное преобразование сделать в в .htaccess, я об этом писал выше.
Такого адреса нет, и естественно он обрабатывается как 404 и перекидывает на index.php.
Ну дык поделитесь решением то?
Вы же пришли сюда найти решение, возможно такое же решение будут искать и другие! Хотя бы саму суть.

if (!isset($_REQUEST['op'])) $op = "";
if (isset($_GET['file']) || isset($_POST['file'])) {
	$file = trim(isset($_POST['file']) ? $_POST['file'] : $_GET['file']);
	if (preg_match("/[^a-zA-Z0-9_]/", $file)) {
		Header("Location: index.php");
		exit;
	}
} else {
	$file = "index";
}

if (isset($_GET['file']) || isset($_POST['file'])) {
$op = trim(isset($_POST['file']) ? $_POST['file'] : $_GET['file']);
}

	$file = "index";