Это требование о канонических уже очень давно и писал тут на форуме так же очень давно. Яндекс просто отодвинет в выдаче и в итоге поднять не реально будет дублированные, гугл помещает в сопли(supplemental results) и они просто есть проиндексированными и все, но в выдаче не будет.
И не только канонические нужны, о чем так же писал(микроразметка и тд), но реакция была нулевая.
В итоге ранжирование очень не важное.
Причем это все уже не один год во всех системах в коробке, не говоря о чпу в полном смысле урла из заглавия))
Найти тот пост тут сложно где я писал, так как только свои видно темы, но не посты в профиле.
robots.txt думаю не поможет, так как во всех случаях присутствуют элементы из нормального урла и не к чему привязать запрет.
Уже во всю идет использование AMP гугла и быстрых форматов скажем фейсбук, что реально сказывается на трафе и конверсии, а мы опять возвращаемся к разговору нужны или нет канонические урлы. Нужны однозначно по многим причинам и нужны как несколько лет назад))
повтор index.php/index.php как убрать и поставить 404?
тут надо вам редирект 301 делать, а не 404, бог его знает как и что гугл и яндекс за главную у вас индексит без канонического, они в данном случаи могут меняться в индексе динамически после каждого обхода и если это у него за главную в данный обход прошло, будут проблемы.
Каноничесике не только показывают нужную страницу, они фиксируют ее в индексе и лишний раз не будет миганий, постоянной переиндексации и вообще бот по пустому не лазит по сайту по сто раз по одному и тому же.