Это ни есть хорошо, от беспорядка все беды. Хаос будет расти как снежный ком, чем больше вспомогательных функций для наведения порядка, тем больше "бардака" в проекте, и так по нарастающей, в конечном итоге сложно разобраться самому, уже не говоря о остальных. Зачем усложнять жизнь себе и другим? Намного проще изначально продумать логику и придерживаться правил, как минимум в "продакшене".А у меня там (как у человека творческого) творческий беспорядок с файлами фреймворков разных версий (для тестов или специфичных плагинов). Но, как вижу, это не касается ява-скриптов.
Про стили думал и планировал так же как описано выше, но в последствии отказался от этой идеи в виду проблем с последующим подключением дополнительных плагинов и расширений. Придётся шерстить и переписывать десятки файлов стилей сторонних плагинов, и это не только проблемы со скоростью, но и с логикой функционала правил поиска и замены путей. Исходя из личного опыта, скажу что будет логичнее и удобнее если изображения и всё остальное находятся на уровень ниже файла стилей. В этом случае отпадёт надобность поиска и перезаписи путей подключаемой графики, шрифтов и прочих вспомогательных файлов от корня сайта. В остальном же, ситуация аналогичная, кеш, автообновление, сжатие кода и прочее, всё предусмотрено.
С системными скриптами SLAED CMS особых сложностей нет, их немного, написаны просто и понятно. Основные сложности у дополнительных плагинов, с сжатием/сокращением ЯваСкриптов, так как многие из них отрицательно реагируют на плотное сжатие кода и как правило, теряют функционал. Поэтому упрессовка по минимуму, с максимальным сохранением работоспособности. Для того что-бы добиться максимального уровня сжатия, рекомендую использовать уже сокращённые разработчиками JavaScript файлы, которые поставляются в стандартном пакете системы CMS, заменив файлы типа jquery.slaed.js на jquery.slaed.min.js.
О сколько нам открытий чудных,
Готовит просвещенья дух,
И опыт, сын ошибок трудных,
И гений, парадоксов друг...