Извини, вошло в привычку.Можно на "ты"? )
С ранее сокращёнными JavaScript файлами в принципе, проблем быть не должно, да и сокращать их не имеет смысла, единственное что требуется, это сведение всех в один.
С обычными, не сокращёнными скриптами/файлами, дела обстоят иначе. Функция сокращения сам код не меняет, удаляются лишь комментарии и пустые символы, таки образом код преобразуется в одну строку. На личном опыте заметил что проблема именно с пустыми символами и знаками табуляции, при их удалении теряется функционал. Поэтому вставка alert(""); в функцию реально не отображает её рабочее состояние, следует проверять настоящий функционал, на деле.
О сколько нам открытий чудных,
Готовит просвещенья дух,
И опыт, сын ошибок трудных,
И гений, парадоксов друг...